La Federación de Pioneros de Rusia consta de siete departamentos y organismos diferentes que controlan el trabajo de la asociación al más alto nivel. De los principales, cabe destacar:
1. La Conferencia de la FPR es la máxima autoridad de la organización de la FPR, se celebra anualmente, selecciona la composición del Consejo de la FPR, forma y aprueba el plan de calendario. El plan de calendario de eventos es desarrollado por el Consejo del FPR durante 1 año, aprobado por la Conferencia; la planificación y los ajustes son realizados por el Consejo anualmente en la Conferencia del Consejo del FPR.
2. El Consejo de la FPR organiza actividades entre Conferencias, ejecuta un plan de calendario, organiza el trabajo de los departamentos, eventos locales, regionales e interregionales.
3. Departamento de Información: informa a los participantes del FPR, al Movimiento de Investigación sobre los eventos celebrados, publica una revista, administra el sitio web, los grupos del FPR en las redes sociales.
4. Departamento metódico: conserva, desarrolla el método de Investigación, publica literatura metodológica, en particular: "El Libro del Ciudadano", "El Libro de los Conquistadores", "El Libro del Líder", "El Libro del Conquistador-instructor". Organiza seminarios de formación para responsables de organismos públicos y asociaciones.
5. Departamento Internacional: dirige los asuntos internacionales de la RPF: organiza delegaciones a otros países y una reunión de delegaciones extranjeras; realiza teleconferencias.
6. El departamento de "Relaciones Externas" se dedica a la búsqueda de socios y patrocinadores para la organización.
7. La Secretaría: mantiene registros de la membresía, la concesión de títulos, diplomas y elogios.