Федерация Следопытов России состоит из семи различных отделов и органов, которые контролируют работу объединения на высшем уровне. Из основных следует отметить:
1. Конференция ФСР - является высшим органом власти организации ФСР, проводится ежегодно, выбирает состав Совета ФСР, формирует и утверждает календарный план. Календарный план мероприятий- разрабатывается Советом ФСР на 1 год, утверждается Конференцией; планирование и коррективы вносятся Советом ежегодно на Конференции Совет ФСР.
2. Совет ФСР - организовывает деятельность между Конференциями, выполняет календарный план, организует работу отделов, местные, региональные и межрегиональные мероприятия.
3. Информационный отдел - информирует участников ФСР, Следопытского движения о проводимых мероприятиях, выпускает журнал, администрирует сайт, группы ФСР в социальных сетях.
4. Методический отдел - сохраняет, разрабатывает Следопытский метод, издаёт методическую литературу, в частности: «Книжка Горожанина», «Книга Следопытов», «Книга Руководителя», «Книга Следопыта-инструктора». Организовывает обучающие семинары для руководителей общественных организаций, объединений.
5. Международный отдел - ведёт международные дела ФСР: организует делегации в другие страны и встречу иностранных делегаций; проводит телемосты.
6. Отдел «Внешние связи» - занимается поиском партнеров и спонсоров для организации.
7. Секретариат - ведёт учёт членства, присвоение званий, грамот, благодарностей.